La Guardia Civil afirma en un informe elevado a la juez Alaya que los 16 ex altos cargos detenidos en el caso de los cursos de formación -entre ellos varios directores generales y delegados/as de Empleo en las provincias -, seguían un plan para mantener un sistema de ayudas millonarias que incumplía deliberadamente la ley y favorecía a quienes eran afines.
Complementariamente, en un auto dictado el 1 de abril el Juzgado de Instrucción 1 de Granada, Basilio Miguel García Melián, titular de uno de los siete órganos judiciales andaluces que investigan las irregularidades en la concesión, control y seguimiento de las ayudas para formación, afirma que la responsabilidad en el fraude de la formación recae más en los "superiores jerárquicos" que en los directores del Servicio Andaluz de Empleo (SAE) en cada provincia.
Esto es, ambas instancias, y se espera que los demás juzgados que llevan parte de la instrucción del caso coincidan en esas tesis y, consecuentemente, como ha hecho el juez de Granada, se inhiban a favor de la juez Alaya que centralizará así todo el caso del fraude en la formación.
Es más, el juez granadino es contrario a trocear el caso, como considera la Fiscalía, porque aunque facilitara la instrucción, "desnaturaliza artificialmente la realidad de lo ocurrido". De esa forma, recoge El Mundo, se haría recaer "en un ámbito provincial determinado" un asunto que "deviene de esferas de actuación u omisión más amplias".
El juez destaca que es "altamente significativo" que en todas las provincias andaluzas y simultáneamente "se hayan reiterado las conductas investigadas, y siempre a favor de personas que estarían supuestamente relacionadas con personas o cargos afectos a la Administración y más concretamente a un signo político determinado".
Por ello, deduce, el descontrol y el desbarajuste en la concesión y vigilancia de las subvenciones no podían ser desconocidas por los superiores jerárquicos de los responsables provinciales de la Junta de Andalucía. Al contrario, es patente que las irregularidades detectadas también por la Cámara de Cuentas y los interventores en las distintas provincias se han llevado a cabo "a la vista" de quienes tienen la responsabilidad política.
Según el juez, fue la orden de 23 de octubre de 2009 –por la que se regulaba la ordenación de la Formación Profesional para el Empleo en Andalucía, la que favorece el descontrolen toda Andalucía, por lo que es ese ámbito, el de los responsables centrales de la Junta, el que debe ser preferentemente investigado por la juez Alaya.
La Benemérita considera, y recoge El País, que existió una coordinación entre la cúpula de la Consejería de Empleo y sus delegados provinciales para evitar la vigilancia de los fondos, favorecer sobremanera a ciertos empresarios y exonerarles de presentar las justificaciones de gastos.
Textualmente; "Los órganos gestores, lejos de constituir algo inerte, por ausencia de recursos, mantenían una actitud proactiva y concertada con el fin de mantener el sistema irregular establecido". La juez Mercedes Alaya afirma que este supuesto pacto buscaba mantener "el clientelismo político".
Una vez pasadas las elecciones andaluzas, la Guardia Civil entregó un nuevo atestado que, subraya el diario de Prisa, está plagado de suposiciones porque deducen, sin aportar documentación suficiente, que "la actuación concertada del Servicio Andaluz de Empleo en los dos niveles, central y provincial" propició una supuesta arbitrariedad en la concesión de las subvenciones para formación. Sin embargo, la tesis de la Guardia Civil coincide con la tesis del juez granadino que se ha inhibido en favor de Alaya.
La Guardia Civil llega a sospechar la existencia de una correspondencia entre altos cargos para coordinar las ayudas y subvenciones a quienes se debía favorecer.
Además, los altos cargos de Empleo no exigieron el reintegro de fondos al dejar de examinarse las ayudas, por lo que sus responsables incumplieron la Ley General de Subvenciones. Los agentes recuerdan que la Junta cambió su política al respecto hace un año cuando trascendieron las investigaciones policiales y ahora, tras algunas investigaciones internas, la Junta ha reclamado el reintegro de 161 millones incluidos en 139 expedientes de ayudas hasta el pasado noviembre. De ellos, nada menos que 108 millones corresponden a ayudas que recibió la Fundación pública Faffe, ya extinguida.